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薬へ前進？新型コロナの「はさみ」の動きをシミュレーション

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ava
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小刻みにゆらぐ物体。
これは、理化学研究所が新型コロナウイルスのメインプロテアーゼという酵素の動きをシミュレーションしたもので、薬の開発につながると期待できるものだといいます。

一般に、コロナウイルスは、ヒトの細胞に侵入すると、ウイルスの増殖に必要な多くのタンパク質を、感染した細胞に作らせます。
そして、コロナウイルスは、この大きな状態のタンパク質を切断して、小さくなったタンパク質を使うことで、増殖していくといいます。
この「はさみ」の役割を持つ酵素の一つがプロテアーゼで、その機能を邪魔する、阻害薬の開発が期待されています。

理研は、新型コロナウイルスのプロテアーゼのうち、「はさみ」の役割のほとんどを担う、メインプロテアーゼの動的なシミュレーションに成功しました。
研究チームは、「薬の候補となる分子とメインプロテアーゼとの結合の強さを予測するなど、国内外の創薬研究の速やかな進展に寄与すると期待できます」とコメント。
シミュレーションのデータを世界の創薬研究者に公開しました。

なお、この映像はスローモーションで、これをおよそ１７００万倍速したものが、実際のメインプロテアーゼのゆらぎの速度になるといいます。
研究チームは、去年１１月から実験運用がスタートしたばかりの、創薬専用のスーパーコンピュータを使って、このシミュレーションを行いました。
１０万個にもおよぶ原子がそれぞれどんな動きをするかということを、およそ１０日間にわたって繰り返し計算したということです。

引用元：
理化学研究所, 新型コロナウイルス（SARS-CoV-2）メインプロテアーゼの分子動力学シミュレーションデータを公開
https://www.riken.jp/press/2020/20200323_2/index.html

#プロテアーゼ#阻害薬#分子動力学#理研#創薬#理化学研究所#MDGRAPE4A#スーパーコンピュータ
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ニュース - News
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